在风湿性关节炎中对编程细胞死亡基因的调控网络的探索,基于血液衍生的circRNA转录组信息和单细胞多组数据
Yuxuan Fang1, Nan Xu1, Jiacheng Shen1
1Department of Rheumatology and Immunology, Affiliated Hospital of Yangzhou University, Yangzhou University, Yangzhou, Jiangsu, China.
编程细胞死亡 (PCD) 和循环RNAs (circRNAs) 与类风湿性关节炎 (RA) 有关. 这项研究确定了参与PCD的关键circRNA和基因,揭示了RA诊断和治疗的hsa_circ_0001241和TXN等潜在生物标志物.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 遗传学 是一个遗传学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 类风湿性关节炎 (RA) 的发病过程涉及编程细胞死亡 (PCD) 和循环RNAs (circRNAs).
- 了解RA中PCD背后的基因调节网络对于开发向疗法至关重要.
研究的目的:
- 在类风湿性关节炎 (RA) 中探索PCD机制和基因调节网络.
- 确定关键的circRNA和与RA中PCD相关的枢纽基因.
- 构建一个诊断模型并验证RA的潜在生物标志物.
主要方法:
- 使用了 RA circRNA,mRNA 和单细胞数据的 GEO 数据库.
- 采用了用于差异表达分析的limma包和用于构建ceRNA网络的ENCORI数据库.
- 应用LASSO回归用于枢纽基因识别和PCR用于验证.
主要成果:
- 在RA中确定了71个差异性circRNAs,221个差异表达基因 (DEGs) 和23个PCD相关的DEGs.
- 发现了三个关键的circRNAs (hsa_circ_0001241,hsa_circ_0089761,hsa_circ_0001654) 和四个与PCD相关的DEGs.
- 验证了hsa_circ_0001241,hsa_circ_0089761,TXN和RRAGD作为潜在的RA生物标志物,在髓状细胞中具有差异性表达.
结论:
- Hsa_circ_0001241,hsa_circ_0089761,TXN和RRAGD显示出它们作为类风湿性关节炎诊断生物标志物的潜力.
- 已识别的circRNA和基因为RA病理和潜在的治疗点提供了洞察力.
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