膏中的有机体:提高了神秘线粒体读数的检测,解决了跨物种微生物组分析中的许多未知序列

科学领域:

• 微生物学 微生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 线粒体和叶绿体基因组含有核糖体RNA (rRNA) 基因,反映了它们的细菌祖先.
• 在使用16S rRNA测序的动物和植物微生物组研究中经常检测到有机细胞rRNA.
• 目前的生物信息管道可能无法识别高丰度的细胞器RNA,这可能会影响微生物组分析.

研究的目的:

• 调查未被注释的有机细胞rRNA序列对大规模微生物组研究的影响.
• 开发和验证一种方法,以改善在微生物组数据中的器官rRNA序列的识别.
• 评估增强的有机体rRNA注释对微生物组结构和多样性分析的影响.

主要方法:

• 从7个16S rRNA研究中重新分析了7459个样本,涉及927种动物.
• 线粒体和质体的量化下注读取使用标准管道.
• 补充了现有的分类学与多样化的有机体rRNA序列,以改善分类.

主要成果:

• 发现神秘的线粒体和叶绿体读数的注释不足会影响多个大规模的微生物组比较,宿主物种之间存在差异.
• 在一些研究中,用有机体rRNA序列补充分类学,确定了高达97%的独特未分类序列 (平均14%是线粒体).
• 改进的注释使五项主要研究中的30%样本中未知序列的比例减少了至少10倍,而不会增加模拟社区的错误阳性.

结论:

• 在微生物组研究中,对器官rRNA序列的注释不足是一个常见的问题,可能会导致结果偏差.
• 补充标准分类学与多种器官rRNA序列是一个简单有效的解决方案.
• 这种改进的注释策略提高了微生物组结构和多样性分析的准确性,推其在现场采用.