使用RootPainter在不同类型的土壤中自动量化Enchytraeus crypticus幼虫的数量
Bart G van Hall1, Cornelis A M van Gestel1
1Amsterdam Institute for Life and Environment (A-LIFE), Faculty of Science, Vrije Universiteit Amsterdam, De Boelelaan 1108, Amsterdam 1081 HZ, The Netherlands.
Ecotoxicology and environmental safety
|December 11, 2024
概括
使用RootPainter自动化虫土壤毒性测试显著提高了效率. 这种深度学习工具准确地量化了Enchytraeus crypticus的幼虫,取代了生态毒性评估中耗时的手动计数.
科学领域:
- 环境毒理学环境毒理学
- 生态毒理学 生态毒理学
- 土壤科学 土壤科学
背景情况:
- 在土壤毒性测试中手动量化类幼虫的量化是费力和主观的.
- 深度学习为自动化这些计数提供了潜力,提高了准确性和效率.
研究的目的:
- 评估RootPainter,一个深度学习工具,用于对Enchytraeus crypticus幼虫的自动定量化.
- 评估RootPainter在不同类型的土壤和农药暴露中的可靠性和准确性.
主要方法:
- 使用五种农药和四种土壤类型,按照经合组织指南220进行了毒性测试.
- 三名操作人员手动进行Enchytraeus crypticus幼虫计数,并使用RootPainter自动进行计数.
- 使用皮尔森和类内可比性系数分析了手动和自动计数之间的相关性.
主要成果:
- 在所有土壤和运营商的自动和手动计数之间观察到强烈和显著的相关性 (皮尔森r ≥ 0.955,ICC ≥ 0.936).
- 来自自动计数的毒性终点 (EC50,EC10) 与手动计数一致 (系数0.851.30).
结论:
- RootPainter提供了一种可靠,可重复和准确的方法来量化幼.
- 使用RootPainter的自动定量有效地消除了在生态毒性研究中需要耗时的手动计数的需要.
