PMS2CL干扰导致黑人患者错误识别致病性PMS2变异
Jacqueline Cappadocia1, Lisa B Aiello2, Michael J Kelley3,4,5
1Division of Hematology-Oncology, Department of Medicine, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA.
一种特定的PMS2基因变异 (c.2523G>A p.(W841)) 由于与PMS2CL伪基因的同源性,经常被误认. 这种特定于非洲祖先的变异可能导致黑人人群中错误诊断林奇综合征.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 分子生物学分子生物学
- 在瘤学瘤学.
背景情况:
- PMS2基因对DNA不匹配的修复至关重要,其变体与林奇综合征有关.
- 准确识别PMS2变体对于癌症风险评估和诊断至关重要.
- 伪基因同质性可以使遗传测试中的变异解释复杂化.
研究的目的:
- 为了调查PMS2变异NM_000535.7:c.2523G>A p.
- 要确定这种变异是否与特定的种族或族群有关.
- 为了澄清PMS2CL伪基在检测这种变种中的作用.
主要方法:
- 来自大型多样化的队列的下一代测序数据的分析,包括体检测试和生殖系外体序列测序.
- 在不同种族/种族群体和遗传祖先群体 (非洲,欧洲) 中对变异频率的比较.
- 评估变体的位置和同源性与PMS2CL假基因的评估.
主要成果:
- 在35项临床试验中发现了PMS2 c.2523G>A p.(W841) 变异 (0.1%),仅限于黑人种族/种族的个体.
- 在非洲遗传祖先的个体中,该变异的生殖系频率为0.2% (Penn Medicine BioBank) 和1.3% (gnomAD).
- 这种变异在欧洲遗传祖先的个体中不存在,并且位于与PMS2CL伪基因具有高度同质性的区域.
结论:
- PMS2 c.2523G>A p.(W841) 变异是一种非洲祖先特有的变异,主要来自PMS2CL伪基.
- 这种伪基变异可能被误认为是一种致病性PMS2突变,导致林奇综合征的潜在误诊.
- 临床实验室必须识别这种伪基因变体,以防止在接受不匹配修复缺陷遗传测试的黑人个体中误诊.
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