研究设计和有害的罕见变体在生物库规模数据集中的采样
Margaret C Steiner1, Daniel P Rice2,3, Arjun Biddanda4
1Department of Human Genetics, University of Chicago, Chicago, IL 60637.
bioRxiv : the preprint server for biology
|December 16, 2024
概括
地理广泛的采样增加了罕见的发现,有害的变体,但降低了他们的检测频率. 这种"发现"和"稀释"效应对于设计大规模遗传研究至关重要.
科学领域:
- 人口遗传学 人口遗传学
- 基因组研究设计的设计
背景情况:
- 地理广度是人口遗传学研究设计的关键因素.
- 地理采样范围对罕见,有害变种的影响尚不清楚.
- 稀有变异对生物医学和进化研究至关重要.
研究的目的:
- 模拟地理采样宽度对负选择变异发现的影响.
- 了解样本设计如何影响遗传变异的确定.
- 调查地理广度,样本大小和变异频率之间的相互作用.
主要方法:
- 构建一个包含分散,遗传漂移,选择,突变和采样的随机模型.
- 分析地理广度对变种发现和频率的影响.
- 使用人口遗传模拟和英国生物库实证数据进行验证.
主要成果:
- 更广泛的地理采样增加了发现变体的数量 ("发现").
- 变种在更广泛的样本中以较低的平均频率 ("稀释") 检测到,通常是单个样本.
- 这些效应被更大的样本大小放大,并受到健身效应的影响.
结论:
- 地理广度对罕见的,有害的变种的检测和频率产生重大影响.
- 这些发现对于将罕见变异与表型相关联的研究和推断负选择的研究至关重要.
- 考虑地理广度对于设计有效的遗传研究,特别是生物库规模的倡议至关重要.


