一个强大的基准检测低频变异在HG002基因组在一个瓶子NIST参考材料的强大基准
Camille A Daniels1, Adetola Abdulkadir1, Megan H Cleveland2
1Medical Device Innovation Consortium (MDIC), 1655 N Ft. Myer Drive, 12th Floor, Arlington, VA, USA 22209.
bioRxiv : the preprint server for biology
|December 16, 2024
概括
我们开发了一种基准,用于检测正常细胞DNA中的体质马赛克变体. 这一新资源有助于验证识别致病基因变化的方法,这些变化存在于细胞中很小的一小部分.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 人类遗传学 人类遗传学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 阴性马赛克主义,在受孕后出现遗传变异,是各种疾病的重要原因.
- 检测低频率的体和马赛克变体是具有挑战性的,因为它们存在于细胞的一小部分.
- 准确的基准测试对于验证变体调用者和理解马赛克变体等位基因分数至关重要.
研究的目的:
- 创建一个基准数据集,用于评估在正常细胞群中检测亚克隆马赛克变异的检测.
- 建立可靠的参考材料,以评估体变种检测技术的准确性.
- 支持对马赛克变体的基因组分析管道的优化和验证.
主要方法:
- 使用"瓶中的基因组" (GIAB) 联盟HG002基因组基因组基因组基因组基因组基因组基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因基因
- 使用高覆盖率 (300倍) 的全基因组测序和体变异调用器来识别候选马赛克变异 (>5%的等位基因分数).
- 通过使用多种测序技术 (BGI,Element,PacBio HiFi) 验证的候选变异,以及对错误阳性评估具有最小的马赛克 (>2%) 的定义区域.
主要成果:
- 建立了HG002的马赛克变异基准草案,其中包括85个高可信度候选基因中的13个单核酸变异 (SNV).
- 在没有可检测的马赛克变异 (> 2%) 的HG002自体基准中划出了2.45Gbp区域,从而促进了虚假阳性率的评估.
- 证明了基准在外部验证中的实用性,用于在各种技术和算法中识别虚假负值和虚假正值.
结论:
- 开发的HG002马赛克变体基准为基因组学社区提供了一个关键的资源.
- 这一基准能够对检测低频率的体质马赛克变体的方法进行可靠的验证和优化.
- 这些发现支持使用这种参考材料进行模拟,spike-in和混合研究,以提高诊断准确度.
