在公共领域的植物转录组中识别了感染植物的alphaflexiviruses的9个假定新成员

科学领域:

• 植物病毒学 植物病毒学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 阿尔法柔性病毒是植物病原体,在全球造成重大作物损害.
• 公共可用的转录组数据为新型病毒发现提供了资源.

研究的目的:

• 在各种植物物种中识别和描述新型的alphaflexiviruses.
• 分析新发现病毒的基因组组织和遗传学关系.

主要方法:

• 对植物转录组数据的序列读取档案 (SRA) 数据库的探索.
• 生物信息分析用于识别和恢复完整的病毒基因组.
• 遗传学分析以确定病毒分类学和进化关系.

主要成果:

• 在九种植物物种中发现了九种新的alphaflexiviruses.
• 完整的基因组揭示了五到六个开放的读取框架 (ORF),包括复制酶的基因,三重基因块和外套蛋白.
• 来自高种的第一个alphaflexivirus,黑松状病毒1 (BlpPV1),形成了一个独特的家族遗传分类,表明了一个新的分类.
• 六种病毒被分配到现有的属 (Potexvirus,Lolavirus,Mandarivirus) 中,两种类似 lola 的病毒可能代表一个新的属.

结论:

• 这项研究扩大了Alphaflexiviridae家族的已知多样性,发现了新型病毒.
• 在Alphaflexiviridae中,BlpPV1代表了一个潜在的新分类.
• 需要进一步的研究来阐明这些新发现的植物病毒的生物学作用和分布.