建立一个FAIR数据生态系统,将单细胞转录组学数据纳入农业基因组到现象研究

科学领域:

• 农业基因组学 农业基因组学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 单细胞基因组学 单细胞基因组学

背景情况:

• 现有的农业基因组学数据提交标准对于单细胞 (SC) 数据发展不足.
• 人类基因组基础设施 (人类细胞图谱数据门户,Terra) 和EMBL-EBI的单细胞表达图谱提供了先进的功能.
• FAANG数据门户缺乏与这些资源的计算链接,阻碍了农业基因组学研究.

研究的目的:

• 评估使用FAANG元数据标准在Terra.中摄入牲畜scRNA-seq数据的可行性.
• 开发和扩展数据工具,以无集成和分析农业SC数据.
• 为农业物种基因组学建立一个公平的数据资源.

主要方法:

• 借助人类细胞图谱数据门户网站和Terra平台.
• 使用EMBL-EBI的单细胞表达图谱来获取数据.
• 对scRNA-seq数据进行调整的FAANG元数据标准.
• 开发了半自动化的元数据经纪和数据传输工作流程.
• 验证了摄入Terra的数据,并对猪数据进行了scRNA-seq分析.
• 使用JBrowse.se创建了原型可视化工具.

主要成果:

• 使用FAANG标准成功将scRNA-seq数据集输入Terra.
• 实现了scRNA-seq数据的半自动化元数据中介,减少了专家策划需求.
• 从HCA数据门户向Terra传输验证的数据以进行分析.
• 执行了一个工作流程来分析第一个摄入的猪 scRNA-seq 数据集.
• 开发了JBrowse可视化轨迹,用于比较scRNA-seq和批量RNA-seq数据.

结论:

• FAANG元数据标准可以适应将牲畜scRNA-seq数据摄入到Terra.
• 开发的工具促进了农业基因组学的数据共享,分析和可视化.
• 该项目为FAIR农业物种基因组学数据生态系统奠定了基础.