群组:用于分子模拟和属性计算的开源工具包
Ruichen Liu1, Li Wang1,2,3, Xiangwen Zhang1,2,3
1Key Laboratory for Green Chemical Technology of Ministry of Education, School of Chemical Engineering and Technology, Tianjin University, Tianjin, China.
Groupy是一个开源的计算化学工具,可以从SMILES字符串计算分子特性. 它通过提供多功能输出和支持大型数据集的并行处理来简化化学家的研究.
科学领域:
- 计算化学的计算化学
- 化学信息学 化学信息学
背景情况:
- 计算分子性质和准备模拟输入文件是计算化学中至关重要的但耗时的任务.
- 现有的工具可能缺乏灵活性或需要大量的用户输入.
研究的目的:
- 介绍Groupy,这是一个开源的,多功能和灵活的代码,用于计算分子属性并为分子模拟软件生成输入文件.
- 为计算和实验化学家提供一个用户友好的工具,简化日常研究.
主要方法:
- 集团代码使用集团贡献方法进行房地产计算.
- 它接受简化分子输入线输入系统 (SMILES) 字符串作为输入.
- 消息传递接口 (MPI) 并行实现以加速大分子集的计算.
主要成果:
- Groupy生成清晰可读的输出数据和多种格式的文件.
- 该代码产生适合机器学习应用的群组贡献式分子指纹.
- 它提供了详细的用户指导,并作为外部库表现出强大的可扩展性.
结论:
- Groupy为分子性质计算和模拟文件准备提供了方便和高效的解决方案.
- 它的特性,包括并行化和机器学习准备的输出,增强了它对化学家的实用性.
- Groupy的开源性质和可扩展性促进了其在科学界的采用和进一步发展.
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