在小鼠胚胎组织中对3D基因组和表观基因组进行综合分析

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 发育生物学 发展生物学
• 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.

背景情况:

• 在小鼠胎儿发育中注释 cis-regulatory 序列是具有挑战性的.
• 了解它们在基因表达中的作用需要绘制3D基因组架构.

研究的目的:

• 在小鼠胎儿组织和前脑发育中绘制全基因组的染色质接触图.
• 将这些相互作用与基因表达联系起来,并确定调节元素.

主要方法:

• 在七个胎儿组织和六个发育阶段的染色质接触映射.
• 用表观基因组和转录基因组数据进行整合性分析.
• 增强剂-标基因相互作用的预测.

主要成果:

• 确定了248,620种涉及14138个基因的长距离染色体相互作用.
• 在组织和发育之间相互作用的特征动态变化.
• 在染色质接触,增强剂活性和基因表达之间发现了强烈的相关性.
• 标注人类同源增强剂与疾病风险变体.

结论:

• 胎儿增强剂与成人疾病有关,包括精神分裂症.
• 这支持了成年人疾病的胎儿起源假设.
• 为了解基因调节和疾病遗传学提供了一个资源.