基于AMPLICON的下一代测序试验的分析验证和性能评估,用于检测ERBB2和其他固体瘤中的基因扩增
Ekaterina Olkhov-Mitsel1, Danny Chan1, Kenneth J Craddock1,2
1Precision Diagnostics and Therapeutics Program, Division of Anatomic Pathology, Department of Laboratory Medicine and Molecular Diagnostics, Sunnybrook Health Sciences Centre, Toronto, ON M4N 3M5, Canada.
Cancers
|December 17, 2024
概括
基于Amplicon的下一代测序 (NGS) 试验在固体瘤中有效检测基因放大,但在瘤细胞率低于30%的样本中显示敏感性降低. 标准化质量控制对于可靠的结果至关重要.
科学领域:
- 在瘤学瘤学.
- 基因组学就是基因组学.
- 分子诊断学 分子诊断
背景情况:
- 针对性下一代测序 (NGS) 面板对于识别固体瘤中可操作的基因放大至关重要.
- 基因放大检测对于指导向癌症治疗至关重要.
研究的目的:
- 为了验证两种基于安普利康的NGS试验 (Oncomine Comprehensive Panel和Oncomine Focus Assay) 的分析性能,用于检测基因放大.
- 评估瘤细胞性对基于NGS的放大检测灵敏度和特异性的影响.
主要方法:
- 验证了两种基于安普利康的NGS测定:康胺综合面板 (OCAv3) 和康胺焦点测定 (OFA).
- 在756个瘤样本中评估了OCAv3的表现,这些瘤样本来自各种瘤类型.
- 通过OCAv3对121种子宫癌进行了ERBB2放大分析,并将结果与HER2 IHC和FISH进行了比较.
主要成果:
- 在标准化质量控制下,NGS测试实现了高积极的预测值.
- 放大检测的灵敏度在<30%细胞度的瘤中显著下降.
- 检测率和放大调用在低细胞率 (<30%) 的瘤中相比较高细胞率组显着较低.
- 在子宫癌中,ERBB2扩增的特定值显示出79%的灵敏度和100%的特异性,这可能减少了FISH分析的需要.
结论:
- 基于Amplicon的NGS测试已经证明了在现实世界FFPE样本中检测基因扩增的优点和局限性.
- 瘤细胞性是影响基于NGS的放大检测准确性的关键因素.
- 优化的分析值可以提高NGS测试对特定基因放大的诊断效用.
