适应性和全面的方法长读纳米孔测序的多基化和非多基化RNAs

科学领域:

• 分子生物学分子生物学
• 基因组学就是基因组学.
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• 长读 (LR) 测序提供了全长RNA分析.
• 目前的LR方法 (例如,牛津纳米孔技术,太平洋生物科学) 主要向聚乙烯化 (polyA+) RNAs.
• 这种多A+特异性不包括非多乙化 (多A-) RNA,并可能导致3'-偏差测量,特别是与降解的RNA.

研究的目的:

• 开发和评估已修改的rRNA枯竭协议,用于全面的长读RNA测序.
• 为了克服聚A+特定的LR协议在捕获全转录组的局限性.
• 为了比较基于rRNA枯竭的方法与已建立的多A+特异性LR套件的性能.

主要方法:

• 修改短读rRNA耗尽协议 (基于联结和模板切换cDNA合成) 用于长读测序.
• 调整协议以添加牛津纳米孔技术 (ONT) 特定的适配器序列.
• 删除RNA/cDNA碎片化的步骤,以保存全长的转录.
• 与商业PolyA+专用LR套件进行比较,包括ONT PCR-cDNA条形码套件.

主要成果:

• 与polyA特定协议 (5% - 8%) 相比,RRNA耗尽协议的内部含量比例 (30% - 50%) 显著更高.
• 这些协议使得表达基因的检测率增加了20%至50%.
• 对于rRNA耗尽协议的有利指标包括长转录的改进覆盖范围以及表达测量的准确性和可重复性.

结论:

• 修改后的rRNA枯竭协议允许使用长读序列测序对多基和非多基RNA进行全面的表征.
• 这些方法提高了基因检测,转录覆盖率和测量准确度,而不是PolyA+特定的方法.
• 虽然当前的读数有助于确定转录结构,但需要进一步优化以增加端到端的转录跨度.