在全球微生物群中系统识别二次胆汁酸生产基因
Yuwei Yang1, Wenxing Gao1, Ruixin Zhu1
1Putuo People's Hospital, School of Life Sciences and Technology, Tongji University, Shanghai, China.
mSystems
|December 17, 2024
概括
胆汁酸的微生物代谢对健康至关重要. 这项研究创建了一个全面的基因目录,揭示了微生物在健康和疾病中的作用,并建议猪作为人类胆酸研究的模型.
科学领域:
- 微生物组研究的研究.
- 转基因组学是指转基因组学.
- 宿主-微生物相互作用
背景情况:
- 胆汁酸 (BAs) 的微生物代谢对宿主和环境的平衡至关重要.
- 现有的功能性注释对于胆酸代谢的交叉息地分析是有限的.
- 对参与新陈代谢的微生物,酶和BA的全面了解是不完整的.
研究的目的:
- 构建一个系统的二次胆汁酸 (SBA) 生产基因目录.
- 扩大对不同微生物王国和息地的SBA生产的理解.
- 探索SBAs,宿主健康和人类胆酸代谢的动物模型之间的联系.
主要方法:
- 利用隐藏的马尔科夫模型进行系统搜索.
- 分析了28813个RefSeq多王国微生物完整基因组的大型图书馆.
- 构建了一个二次胆酸生产基因目录.
主要成果:
- 扩大了SBA生产基因在11个类和14个息地的分布.
- 突出SBA与胃肠道/肝脏疾病 (IBD,CRC,NAFLD) 之间的关联.
- 确定猪作为适合人类胆酸代谢研究的动物模型.
结论:
- 该SBA基因目录为未来微生物胆酸代谢研究提供了基础.
- 微生物胆汁酸代谢显著影响宿主健康和疾病.
- 这项研究通过将微生物功能与健康和环境联系起来,为One Health概念做出了贡献.
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