scEccDNAdb:用于人类和小鼠的集成单细胞eccDNA资源
Wenqing Wang1, Xinyu Zhao1, Tianyu Ma1
1School of Life Sciences and Engineering, Southwest Jiaotong University, No.111, North 1st Section of Second Ring Road, Chengdu, Sichuan 610031, China.
Database : the journal of biological databases and curation
|December 18, 2024
概括
一个新的数据库scEccDNAdb为分析单细胞异染色体圆形DNA (eccDNA) 提供了全面的资源. 它提供数以百万计的eccDNA条目和分析工具,以推进细胞异质性和功能的研究.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 分子生物学分子生物学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 超染色体循环DNA (eccDNA) 在真核生物中普遍存在,但由于有限的高通量方法,单细胞分析具有挑战性.
- 在单细胞水平上了解eccDNA对于了解细胞异质性,进化和功能至关重要.
研究的目的:
- 为单细胞eccDNA分析开发一个全面的数据库.
- 为研究eccDNA.DNA的研究人员提供可访问的工具.
主要方法:
- 使用单细胞全基因组测序数据构建了scEccDNAdb.
- 整合了来自人类和小鼠样本的3,195,464个单细胞eccDNA条目.
- 包括广泛的注释和9个在线分析/可视化工具.
主要成果:
- scEccDNAdb包含一个大规模的单细胞eccDNA数据集合.
- 标注涵盖瘤基因,增强剂,调节元件,遗传变异和染色质特征.
- 在线工具可以从用户数据中生成出版品质的数据.
结论:
- scEccDNAdb是单细胞eccDNA分析的一个有价值的,全面的资源.
- 该数据库支持跨多种细胞类型,组织和物种的研究.
- 有助于更深入地了解eccDNA在细胞过程中的作用.
