评估NanoString技术作为一种工具,用于在怀孕期间在母体血液中定位循环miRNA
Petra Adamova1,2, Andrew K Powell1,2, Iain M Dykes1,2
1Department of Pharmacy and Biomolecular Sciences, Liverpool John Moores University, Liverpool L3 3AF, UK.
Extracellular vesicles and circulating nucleic acids
|December 19, 2024
概括
用户定义的变量显著影响使用NanoString nCounter的母体血液微RNA (miRNA) 分析. 标准化分析方法和验证对于可靠的产前诊断生物标志物至关重要.
科学领域:
- 生物标志物 生物标志物
- 基因组学就是基因组学.
- 生殖生物学 生殖生物学
背景情况:
- 循环的母体微RNAs (miRNAs) 显示出作为产前诊断的生物标志物具有前景.
- 由于其简单性,NanoString nCounter平台被广泛用于miRNA查.
- 对NanoString nCounter数据缺乏标准化的分析方法,这阻碍了可靠的解释.
研究的目的:
- 为了研究用户定义的变量对母体血液miRNA表达分析的影响.
- 评估不同分析工作流程中的结果的一致性.
- 为了确定miRNA生物标志物发现数据处理中的潜在错误.
主要方法:
- 从怀孕和对照大鼠中分离出母体血液RNA.
- 使用NanoString nCounter进行了miRNA表达特征分析.
- 原始数据在nSolver软件中经历了不同规范化,背景校正方法和值的处理.
- 候选miRNAs使用RT-qPCR进行了验证.
主要成果:
- nSolver分析确定了31个假定差异表达的miRNA,但结果在各个工作流程中存在显著差异.
- 没有一个单一的分析工作流始终确定所有验证的miRNAs.
- 反向工程揭示了nSolver中的数据处理错误,加剧了背景校正和正常化方面的问题.
结论:
- 用户定义的变量对母体miRNA分析的NanoString nCounter测试输出具有关键影响.
- 标准化的nSolver数据分析方法和透明的报告是必不可少的.
- 研究人员应采用多种分析方法,并验证查结果以确保准确性.
