长读测序在诊断早期发病的帕金森病中的有用性
Kensuke Daida1,2,3, Hiroyo Yoshino4, Laksh Malik2
1Integrative Neurogenomics Unit, Laboratory of Neurogenetics, National Institute on Aging, National Institutes of Health, Bethesda, MD, USA.
Annals of neurology
|December 19, 2024
概括
牛津纳米孔技术 (ONT) 长读测序在26%早期发病的帕金森病 (EOPD) 患者中发现了第二种致病变体,其中有一种已知的PRKN/PINK1变体. 这种方法对于诊断未解决的EOPD病例至关重要. 关键词:EOPD,帕金森病,PRKN,PINK1,长读序列,结构变异.
科学领域:
- 遗传学 遗传学 是一个
- 神经学 神经学
- 基因组医学是基因组医学.
背景情况:
- 帕金森病 (PD) 是一种具有遗传基础的神经退行性疾病.
- 早期发病的帕金森病 (EOPD) 通常是由PRKN和PINK1基因的变异引起的.
- 很大一部分EOPD病例仍未在遗传上得到解决,这表明存在未被检测到的变异.
研究的目的:
- 评估牛津纳米孔技术 (ONT) 长读测序在识别未解决EOPD案件中的复杂结构变异的实用性.
- 确定ONT长读序列测定是否可以检测EOPD患者的第二个致病变体,只有一个已识别的异构性PRKN或PINK1变体.
主要方法:
- 长时间读取的ONT测序应用于EOPD患者 (发病年龄<50岁),其中有一种已报告的PRKN/PINK1致病变体.
- 传统方法,包括短读序列和多重结合依赖探头放大,用于初始变异检测.
- 患有两种已知的PRKN致病变异的患者作为阳性对照.
主要成果:
- 在26% (6/23) 的PRKN"单变体"EOPD患者中发现了第二种致病变体.
- 在PINK1"单变体"组 (0/12) 中没有发现第二个变体.
- 检测到的变异包括复杂的反转,结构变异重叠和重复,突出显示了长读序列的能力,以发现复杂的基因组变化.
结论:
- ONT长读测序在检测PRKN位点中常规遗传检测方法遗漏的病原性结构变异方面是有效的.
- 这项技术应考虑用于未解决的EOPD病例的基因调查,特别是当怀疑第二种致病变异但未通过标准方法发现时.
- 通过将长读序列化纳入诊断工作流程,可以实现对EOPD的更好的诊断产量.
