使用数据元素语义进行跨标准健康数据协调
Shuxin Zhang1,2, Ronald Cornet3,4, Nirupama Benis3,4
1Amsterdam UMC location University of Amsterdam, Department of Medical Informatics, Amsterdam, 1105, AZ, The Netherlands. s.x.zhang@amsterdamumc.nl.
本研究引入了一种新的方法,通过关注基础概念来协调各种医疗保健数据. 它可以在像HL7 FHIR和OMOP这样的标准中实现一致的数据映射,从而改善数据集成.
科学领域:
- 医疗信息学 医疗信息学
- 数据科学数据科学数据科学
- 本体学 工程学 工程学
背景情况:
- 医疗保健数据在不同标准中表现出显著的异质性.
- 现有的数据协调方法经常与上下文依赖的映射作斗争.
- 需要一种以概念为中心的方法来协调跨健康数据标准的数据元素.
研究的目的:
- 根据其基础概念,提出和验证一种新的方法,在健康数据标准中协调数据元素.
- 来自不同健康数据标准的数据元素之间创建可重复使用的映射.
- 展示基于概念的映射在数据协调和查询中的实用性.
主要方法:
- 开发了一种以概念为中心的方法,涉及概念识别,集群和映射.
- 利用共享本体映射的简单标准 (SSSOM) 和资源描述框架 (RDF) 进行映射构建.
- 在多个领域和主题中应用了对五个主要健康数据标准 (HL7 FHIR,OMOP,CDISC,Phenopackets,openEHR) 的方法.
- 分析了64个数据元素,确定了基础概念,并开发了映射.
- 实施了三个用例来证明该方法的有效性.
主要成果:
- 在五个健康数据标准中成功确定了64个数据元素的基本概念.
- 基于已识别的概念,在数据元素之间构建可重复使用的映射.
- 通过三个实践用例,证明了数据协调和查询能力的改进.
- 验证了该方法克服上下文依赖映射局限性的能力.
结论:
- 提出的以概念为中心的方法有效地协调了异构的医疗保健数据元素.
- 这种方法有助于在各种健康数据标准中创建可靠和可重复使用的映射.
- 该方法为健康数据映射和整合挑战提供了有价值的见解和实际解决方案.
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