提高基因组预测猪生殖特征的准确性,基于基因型赋值,使用具有不同赋值平台的预选标记物
1Key Laboratory of Animal Genetics, Breeding and Reproduction of Shaanxi Province, Laboratory of Animal Fat Deposition & Muscle Development, College of Animal Science and Technology, Northwest A&F University, Yangling, Shaanxi 712100, China; Key Laboratory of Agroecological Processes in Subtropical Region, Institute of Subtropical Agriculture, Chinese Academy of Sciences, Changsha, Hunan 410125, China.
Animal : an international journal of animal bioscience
|December 21, 2024
概括
猪的基因组预测使用全基因组测序赋值得到改善. 猪哈普类型参考小组 (PHARP) 显示了最好的准确性,通过链接不平衡修剪和全基因组关联研究预选择进一步增强.
科学领域:
- 动物遗传学动物遗传学
- 基因组预测 基因组预测
- 量化遗传学 量化遗传学
背景情况:
- 基因组预测加速了猪业的遗传改进.
- 测序技术的进步使成本效益高的基因型归算成为研究猪经济特征的遗传变异的可能.
研究的目的:
- 用不同的猪归算面板来评估基因组预测的准确性.
- 为了比较用于提高大白猪基因组预测准确性的归算策略.
主要方法:
- 用四个不同的面板将80k个单核酸多态芯片数据归算为全基因组测序基因型.
- 应用链接不平衡 (LD) 修剪和全基因组关联研究 (GWAS) 的预选标记.
- 对生殖特征的基因组预测准确性的评估.
主要成果:
- 猪哈普洛类型参考小组 (PHARP) 在测试的小组中显示出最高的基因组预测准确性.
- 通过使用LD修剪和GWAS预选标记策略,基因组预测准确度进一步提高.
- 输入数据有助于理解猪经济特征的遗传变异.
结论:
- PHARP小组对于猪的基因组预测是有效的.
- LD修剪和GWAS预选可以提高基因组预测的准确性,使用归算数据.
- 这项研究为使用归算数据的猪遗传育种计划提供了宝贵的见解.


