在一个新的QTOF仪器上开发一个高吞吐量平台来量化质子修饰

科学领域:

• 表观遗传学和分子生物学
• 分析化学 分析化学
• 生物化学 生物化学

背景情况:

• 基因组转化后修饰 (PTMs) 是基因表达的关键表观遗传调节者.
• 目前已有超过75种不同的质子PTM类型,但由于技术限制,它们的识别和量化具有挑战性.
• 现有的基于质谱 (MS) 的方法面临着诸如同位素和低PTM固态度等障碍.

研究的目的:

• 开发一种新的,高通量液态染色体质谱法 (LC-MS) 方法,用于识别和量化质子PTMs.
• 通过解决速度,样本输入和效率方面的挑战,改进现有方法.
• 为了使生物样本中的基因组PTMs能够进行全面的表征.

主要方法:

• 开发使用四极飞行时间 (QTOF) 平台的微流LC-MS方法.
• 在SCIEX ZenoTOF 7600上的10分钟微流LC梯度与Orbitrap Exploris 240上的55分钟纳米流LC梯度的比较.
• 通过数据独立获取,分析用基因素脱乙酶抑制剂或转化生长因子β1治疗的细胞中的基因素.

主要成果:

• 成功识别和量化了150多种修改后的质.
• 在20分钟以下的总运行时间内,仅使用200 ng的样本,就实现了全面的基因组 PTM 特性.
• 经过100次连续注射在不到2天的时间内,证明了该方法的可重复性.
• 使用不到三分之一的仪器时间,获得了与以前方法相似的结果.

结论:

• 新的高通量LC-MS方法显著提高了基因素PTM分析的速度和效率.
• 这种方法为全面的表观遗传学研究提供了一个强大的平台,即使样本数量有限.
• 该方法的速度和可重复性使其对大规模PTM分析和药物处理样本分析具有价值.