有针对性的长读序列测定,以量化C9orf72重复扩张的甲基化
Evan Udine1,2, NiCole A Finch1, Mariely DeJesus-Hernandez1
1Department of Neuroscience, Mayo Clinic, Jacksonville, FL, USA.
Molecular neurodegeneration
|December 21, 2024
概括
C9orf72重复扩张,ALS和FTD的原因,是甲基化. 甲基化水平有所不同,在扩展的等位基因中更高,并且与重复的长度,年龄和疾病发作相关.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 神经科学是一个神经科学.
背景情况:
- C9orf72基因含有与肌缩侧硬化症 (ALS) 和前性痴呆症 (FTD) 相关的六核酸重复扩张.
- 以前的研究量化了重复扩张的长度,但缺乏对甲基化等表观遗传修饰的洞察力.
研究的目的:
- 为了描述C9orf72的重复扩展,使用无放大,长读数测序方法.
- 为了量化C9orf72重复扩张中的甲基化水平.
- 为了评估C9orf72扩张的个体的重复长度和纯度.
主要方法:
- 来自27个具有C9orf72重复扩张的个体的向,无放大长读DNA测序.
- 对目标读数的分析可以确定甲基化状态,甲基化CpG的比例,重复长度和纯度.
- 统计分析以将甲基化水平与重复时间,年龄和疾病发作相关联.
主要成果:
- C9orf72重复扩张是甲基化的,CpG甲基化比例在13%至66%之间.
- 扩展的等位基因表现出明显更高的甲基化比野生类型的等位基因 (P < 0.0001).
- 甲基化水平与重复扩张长度 (P < 0.0001),采集时的年龄 (P < 0.0001) 和疾病发病时的年龄 (P = 0.020) 呈正相关性.
- 检测到重复长度高达4,088次 (~25 kb),血液DNA中断最小.
结论:
- 这项研究证明了在C9orf72重复扩张中量化甲基化的可靠方法.
- 这些发现揭示了C9orf72扩张的个体中甲基化水平的显著变化.
- 可量化的甲基化差异和临床关联突出显示了表观遗传在C9orf72相关的神经退行性疾病中的作用.
