人体肠道中细胞类型解决的染色质可访问性确定了复杂的调节程序,并澄清了克罗恩病中的遗传关联

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 免疫学 免疫学 免疫学
• 胃肠病学 胃肠病学

背景情况:

• 克罗恩氏病 (CD) 是一种复杂的炎症性肠病,受遗传,微生物和环境因素的影响.
• 不同细胞类型在CD病原和遗传风险中的特定作用尚未完全理解.

研究的目的:

• 在CD患者和健康对照的肠道粘膜中创建细胞类型解析的染色质可访问性的综合图谱.
• 确定细胞类型,位置和特定环境的调节元素,并了解它们在炎症反应中的作用.
• 研究基因变异对各种细胞类型的染色质可访问性和CD风险的影响.

主要方法:

• 从终端大肠和上升结肠组织生成了一个大规模的染色质可访问性地图 (557,310个候选 cis-regulatory 元素).
• 分析了患有活性/无活性CD的患者和健康对照者的数据,以确定细胞类型特定的调节元素.
• 精细映射非编码的CD遗传变异,以评估它们在调控元素中的位置和潜在的细胞类型特异性影响.

主要成果:

• 在肠道粘膜中确定了细胞类型,解剖位置和特定环境的候选 cis-regulatory 元素 (cCREs).
• 证明了破坏转录因子结合基因的遗传变异在特定的粘膜细胞类型中显著改变了染色质的可访问性.
• 发现CD遗传性主要丰富在免疫细胞中,但也确定了cCREs在上皮细胞和树皮细胞中可访问的变异,这意味着这些血统在CD风险中.

结论:

• 开发的地图是研究克罗恩病和肠道健康中的基因调节的宝贵资源.
• 疾病风险是由影响多种细胞类型 (包括免疫细胞,上皮细胞和脑膜细胞) 调节元件的遗传变异介导的.
• 突出细胞复杂性和多种细胞类型对克罗恩病病因和遗传易感性的贡献.