开发一个基于网络的高通量标记器设计程序:CAPS (分裂放大多态序列) Maker Maker

科学领域:

• 植物遗传学 植物遗传学
• 生物信息学是一种生物信息学.
• 农作物科学 农作物科学

背景情况:

• 基因标记物对于开发具有改进农学特征的作物至关重要.
• 下一代测序 (NGS) 和生物信息学工具加速了标记器的开发.
• 现有的工具仅限于短序列,阻碍了大型数据集中的全基因组标记器设计.

研究的目的:

• 开发一种自动化系统,用于在大豆中设计全基因组分子标记物.
• 创建一个用户友好的平台,使用大数据高效地开发标记.

主要方法:

• 开发具有图形界面的CAPS Maker数字平台.
• 集成"SNP浏览器"和"Primer表"用于系统标记器设计.
• 包括内部程序,如eHT-PCR模块,用于复杂基因组的初始对设计.

主要成果:

• CAPS Maker平台是为在大豆中设计分离放大多态序列 (CAPS) 和衍生CAPS (dCAPS) 标记物而开发的.
• 该平台提供了易于使用的工具,用于标记器设计和原料对的选择.
• 整合了内部程序来处理高度重复的基因组.

结论:

• 在实验中验证了CAPS Maker平台的有效性和准确性.
• 该平台使育种者能够轻松设计CAPS/dCAPS标记器,用于开发新的大豆品种.
• 该CAPS制造商可在线访问,供公众使用.