使用全基因组测序和基于数组的方法,跨祖先的1型糖尿病遗传风险得分变化
Ankit M Arni1, Diane P Fraser1, Seth A Sharp2
1Department of Clinical and Biomedical Sciences, RILD Building, Royal Devon and Exeter Hospital, University of Exeter, Barrack Road, Exeter, EX2 5DW, UK.
全基因组测序 (WGS) 提供了准确的1型糖尿病遗传风险得分 (T1DGRS),与TOPMed输入阵列数据可比. 然而,T1DGRS中基于祖先的显著差异凸显了对祖先特定临床标准的需求.
科学领域:
- 遗传学 是一个遗传学.
- 基因组学就是基因组学.
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 1型糖尿病遗传风险评分 (T1DGRS) 对于1型糖尿病 (T1D) 的诊断和预测至关重要.
- 全基因组测序 (WGS) 提供了T1DGRS计算的直接方法,在研究和临床环境中越来越多地使用.
- 传统的T1DGRS依赖于归算阵列基因型,需要与WGS衍生得分进行比较.
研究的目的:
- 调查基于WGS和基于数组的T1DGRS在不同遗传祖先之间的一致性.
- 使用数组基因型来评估T1DGRS计算的不同归算方法 (TOPMed和1000个基因组) 的性能.
- 识别和量化T1DGRS从WGS.衍生出的基于祖先的变异.
主要方法:
- 从全基因组测序 (WGS) 分析了149,265名英国生物库参与者的基因型.
- 从WGS衍生的T1DGRS与从TOPMed输入和1000Genomes输入数组基因型计算的得分进行比较.
- 根据遗传祖先 (欧洲人,南亚人,非洲人) 进行一致性和风险评分分析的分层化.
主要成果:
- 基于WGS的T1DGRS与TOPMed输入阵列得分有很高的相关性 (r=0.996) 和与1000Genomes输入阵列得分有中等的相关性 (r=0.981).
- 在祖先之间一致性仍然很高,TOPMed归因显示了与WGS比1000基因组归因更好的一致性.
- 在WGS衍生的T1DGRS中观察到基于祖先的显著分层,欧洲祖先的个体得分最高.
结论:
- WGS是T1DGRS生成的可行方法,TOPMed归算作为一个具有成本效益的替代方案.
- 即使在WGS中,T1DGRS分布中的基于祖先的变异也存在,这强调了需要祖先特定或泛祖先标准的需要.
- 将欧洲衍生的风险值应用于其他祖先可能会导致低估高风险个体.
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