技术自然主义者:一种蛇形管道,用于评估植物基因组副捕获的真菌多样性
Nicholas W Bard1, T Jonathan Davies1,2, Quentin C B Cronk1,3
1Department of Botany, University of British Columbia, Vancouver, British Columbia, Canada.
Molecular ecology resources
|December 31, 2024
概括
一个新的Snakemake管道快速检测和分类使用内部转录间隔器 (ITS) DNA 序列的真菌植物病原体和内细胞. 这种工具有助于了解真菌植物的联系,并识别新物种.
科学领域:
- 菌类学 菌类学是指菌类学.
- 植物病理学 植物病理学
- 生物信息学是一种生物信息学.
背景情况:
- 对于真菌植物病原体和内菌的宿主协会的了解很少.
- 挖掘真菌DNA的基因组DNA是具有挑战性的,因为短序列和可变的分类学赋值功率.
研究的目的:
- 引入一个计算效率高的Snakemake管道,用于检测和分类致病菌和内菌.
- 从植物基因组数据中改进真菌DNA的分类学分配.
主要方法:
- 开发了一个Snakemake管道,针对内部转录间隔器 (ITS) 区域进行真菌DNA分析.
- 实施方法以最大限度地提高查询序列长度,以增强ITS1和ITS2分类.
- 为了准确的识别,利用了特定于分类的局部切线和信心评分.
主要成果:
- 该管道在几个小时内从各种植物基因组数据中快速分类真菌.
- 识别了204种真菌属,可靠性高 (≥70%).
- 检测出已知和新型的真菌与贝图拉物种和其他植物的联系.
结论:
- 该管道提供了一种快速和易于使用的方法来检测和分类真菌植物病原体和内生菌.
- 促进真菌微生物组的表征,生物勘探和宿主范围的确定.
- 利用现有的序列数据在植物真菌研究中广泛应用.


