为基于LC-MS/MS的综合代谢学,脂管学和蛋白质学数据集开发和彻底评估一个多omics样本准备工作流程
Lana Brockbals1, Maiken Ueland2, Shanlin Fu3
1Centre for Forensic Science, School of Mathematical and Physical Sciences, Faculty of Science, University of Technology Sydney, PO Box 123, Broadway, 2007 NSW, Australia; Department of Forensic Pharmacology and Toxicology, Institute of Forensic Medicine, University of Zurich, Winterthurerstrasse 190/52, 8057 Zurich, Switzerland.
优化样本准备是多学科研究的关键. 甲醇:乙 (9:1) 溶剂混合物产生了最全面的代谢学,脂质学和蛋白质学数据从人类组织.
科学领域:
- 生物化学 生化学
- 分析化学 分析化学
- 生物技术是生物技术.
背景情况:
- 非定向的多omics方法需要强大的样本准备,以最大限度地减少异质性和保持样本完整性.
- 传统的样本提取双相溶剂系统往往是多步骤和复杂的.
- 单相 (全合一) 提取程序正在成为更简单的替代方案.
研究的目的:
- 开发和比较十种不同的单相和双相提取溶剂混合物,用于多相分析.
- 为了评估人体死后肌肉和肝脏样本的组织同质化参数.
- 为了确定全面的代谢学,脂质学和蛋白质学数据集的最佳提取方法.
主要方法:
- 对十种提取溶剂混合物 (单相和双相) 的系统比较.
- 使用珠子均化对四个组织均化参数的评估.
- 使用非定向液体染色体质谱法 (LC-MS) 进行对代谢学,脂管学和蛋白质学的分析.
- 使用1D SDS-PAGE和BCA测定进行补充分析.
主要成果:
- 最佳的同质化涉及珠子处理20毫克组织与200微升水:甲醇 (1:2) 使用3 × 30秒脉冲.
- 单相提取溶剂在多相数据综合性方面通常优于双相系统.
- 甲醇:乙 (9:1) 混合物提供了最全面的代谢学,脂质学和蛋白质学数据集.
结论:
- 甲醇:乙烯酸 (9:1) 溶剂混合物是人类死后组织综合多omics概况的最佳.
- 优化样本准备,包括同质化和提取,对于最大限度地提高多学科研究中的数据质量至关重要.
- 鉴定的方法显示了自动化潜力,使得高吞吐量分析和未来的临床应用成为可能.
更多相关视频
11:25Multi-step Preparation Technique to Recover Multiple Metabolite Compound Classes for In-depth and Informative Metabolomic Analysis
Published on: July 11, 2014
11:00Untargeted Metabolomics from Biological Sources Using Ultraperformance Liquid Chromatography-High Resolution Mass Spectrometry UPLC-HRMS
Published on: May 20, 2013
