基于生物信息学构建与免疫相关的microRNA和mRNA预后模型,用于肝细胞癌

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 免疫学 免疫学 免疫学
• 基因组学就是基因组学.

背景情况:

• 肝细胞癌 (HCC) 的发展与免疫调节密切相关.
• 识别与免疫相关的分子标志物对于预测HCC预后和免疫状态至关重要.

研究的目的:

• 确定和验证与免疫相关的microRNAs (miRNAs) 和信使RNAs (mRNAs) 作为肝细胞癌 (HCC) 的预后标志物.
• 开发基于这些标志物的风险评分模型,用于预测患者的生存率和指导治疗决策.

主要方法:

• 来自癌症基因组图谱 (TCGA) 的RNA测序和临床数据分析,用于miRNA,mRNA和lncRNA的差异表达.
• 使用斯皮尔曼分析和丰富分析 (GO,KEGG) 识别与免疫相关的miRNA.
• 通过COX回归,Kaplan-Meier生存分析和在独立数据集 (GSE31384) 中验证miRNA和mRNA的预后查.
• 在高风险和低风险组中评估免疫透,T细胞排斥 (TIDE) 和化疗敏感性.

主要成果:

• 确定了五种预后性小RNAs (hsa-miR-145-3p,hsa-miR-150-3p,hsa-miR-153-3p,hsa-miR-223-3p,hsa-miR-424-3p) 和六种预后性mRNAs (KCTD17,MAFG,RAB10,SFPQ,TRMT6,UBE2D2).这些mRNAs中,有两种类型的预后性mRNAs.
• 基于这些miRNA和mRNA的风险评分模型准确预测了整体存活率,并得到了验证.
• 较低的风险得分与减少的TIDE和T细胞排斥相关,而较高的得分表明对化疗敏感性更高.
• 实时定量PCR (RT-qPCR) 验证了细胞系中的预后mRNA表达.

结论:

• 经验证的与免疫相关的预后miRNA和mRNA具有作为HCC生物标志物的潜力.
• 识别的风险特征可以帮助预测HCC的预后,并优化治疗策略.