评估肠道活检组织保存方法,以促进大规模的粘膜微生物群研究
Nicola J Wyatt1, Hannah Watson2, Gregory R Young2
1Translational & Clinical Research Institute, Faculty of Medical Sciences, Newcastle University, Newcastle upon Tyne, United Kingdom; Department of Gastroenterology, The Newcastle upon Tyne Hospitals NHS Foundation Trust, Newcastle upon Tyne, United Kingdom.
EBioMedicine
|January 1, 2025
概括
核酸防腐试剂是肠道粘膜微生物群研究中的快速冷的可行替代品. 固定在甲中的嵌入式抛 (FFPE) 样品可以用于回顾性分析,尽管不那么可比.
科学领域:
- 微生物学 微生物学
- 胃肠病学 胃肠病学
- 这是生物银行.
背景情况:
- 大规模的研究对于了解肠道微生物群在健康和疾病中的作用至关重要.
- 粘膜微生物群分析提供了超越便样本的洞察力.
- 目前的黄金标准冷保存限制了大规模的可行性.
研究的目的:
- 为了比较使用黄金标准快速冷与实用方法存储的活检中的肠道微生物群概况.
- 评估核酸防腐试剂和甲固定嵌剂 (FFPE) 对于粘膜微生物群的保护.
主要方法:
- 从20名患有炎症性肠病的成年人身上采集了内镜直肠-sigmoid活检.
- 通过快速冷,核酸防腐试剂 (Allprotect,RNAlater,DNA/RNA Shield) 和FFPE保存活检.
- 在保存样本上进行了16S rRNA基因测序 (V4区域).
主要成果:
- 微生物群的组成在参与者的活检位置之间是一致的.
- 核酸防腐试剂在α-多样性和社区资料中产生了与快速结相似的结果.
- FFPE样本显示了微生物群落结构的显著差异,特别是某些无气生物的丰度减少.
结论:
- 防腐试剂为未来的大规模粘膜菌群研究提供了快速冷的切实替代方案.
- FFPE样本可能适合使用历史组织进行回顾性研究,尽管微生物概况发生了变化.
