单细胞转录组学确定了小鼠大动脉光滑肌细胞中选择性血统特异性基因调节的基因
Shalabh Shukla1, Sayantan Jana1, Nicole Sanford1
1Division of Cardiology, Department of Medicine, University of Washington, Seattle (S.S., S.J., N.S., C.Y.L., L.L., D.A.D.).
Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
|January 2, 2025
概括
来自第二心脏场 (SHF) 和心脏神经 (CNC) 的光滑肌细胞 (SMC) 在大动脉中显示出不同的转录形状. 这些差异可能会影响胸前大动脉疾病的发展.
科学领域:
- 心血管生物学 心血管生物学
- 发育生物学 发展生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 靠近胸前大动脉中的光滑肌细胞 (SMC) 来自第二个心脏场 (SHF) 和心脏神经峰 (CNC).
- 特定于血统的SMC功能与胸前大动脉疾病有关.
- 在健康的大动脉中,SHF和CNC衍生的SMC之间的转录差异在很大程度上尚未被探索.
研究的目的:
- 为了研究SHF衍生的和CNC衍生的SMC在控制大动脉中的潜在的转录组差异.
- 为了识别特定的基因,在这两种SMC血统之间表达的差异.
主要方法:
- 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和转化酶可访问的染色体测序 (snATAC-seq) 的单核测定在小鼠大动脉细胞上进行.
- 细胞从SHF跟踪和CNC跟踪的雄性小鼠中分离出来.
- 用RNA in situ杂交来验证基因表达模式.
主要成果:
- scRNA-seq在SHF-SMC中发现了12个上调差异表达基因 (DEG),在CNC-SMC中发现了9个.
- 一个不同的SHF-SMC亚群显示了Des和Tnnt2表达的丰富.
- 在SHF-SMC中,snATAC-seq证实了对上调 DEGs 的更大的染色体可访问性.
结论:
- 在近端胸前动脉中,CNC衍生的和SHF衍生的SMC之间存在有限但明显的转录组差异.
- 这些发现提供了对谱系特异性SMC特征的基线理解.
- 需要进一步的研究来探索这些转录组变异的功能影响.
