单细胞血统追踪和克隆状态命运分析
Alejo E Rodriguez Fraticelli1,2, Pedro Sánchez Sánchez3
1Institute for Research in Biomedicine (IRB Barcelona), The Barcelona Institute of Science and Technology, Barcelona, Catalonia, Spain. alejo.rodriguez-fraticelli@irbbarcelona.org.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|January 2, 2025
概括
使用随机条形码进行克隆血统追踪,可以随着时间的推移追踪多个细胞克隆. 这种方法与单细胞奥米学相结合,揭示了细胞状态和命运决定因素,从而全面了解生物过程.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 遗传学 遗传学 是一个
- 发展生物学 发展生物学
- 免疫学 免疫学 免疫学
背景情况:
- 血统追踪对于了解细胞过程,如发育和免疫力至关重要.
- 传统方法需要先前了解细胞类型,并限制可追踪克隆的数量.
- 随机条形码的克隆系谱追踪为追踪细胞群体提供了一个可扩展的替代方案.
研究的目的:
- 为设计和实施单细胞谱系追踪实验提供路线图.
- 要突出稳定条形码集成,克隆扩展和omics数据捕获的关键参数.
- 引导研究人员分析测序数据用于克隆身份分配和命运决定因素识别.
主要方法:
- 使用lentiviral库来稳定整合表达的随机条码.
- 将克隆条码与单细胞奥米克技术 (例如,转录组学) 结合起来.
- 优化细胞采样,条形码多样性的实验设计,并最大限度地减少克隆性脱落.
主要成果:
- 克隆谱系追踪能力的演示,以标记和跟踪大量的细胞及其后代.
- 介绍了可用的lentiviral条形码库,适合捕获转录组数据.
- 讨论测序数据分析的计算工具和技巧,包括克隆分配和命运决定因素识别.
结论:
- 随机条形码的克隆血统追踪是一种强大的传统方法的替代方案,可以实现高通量细胞追踪.
- 与单细胞奥米克的集成提供了对细胞状态和随着时间的推移它们的维护的深入洞察.
- 该研究为实验设计和数据分析提供了实际指导,促进了对命运决定因素的全面探索.
