在斑马鱼中使用scartrace对联单细胞转录组和DNA条形码检测
Chloé S Baron1,2, Anna Alemany3,4
1Stem Cell Program and Division of Hematology/Oncology, Boston Children's Hospital and Dana-Farber Cancer Institute, Boston, MA, USA. chloe.baron@childrens.harvard.edu.
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
|January 2, 2025
概括
斯卡特雷斯是一种CRISPR/Cas9遗传谱系追踪工具,用于发育研究,为单个斑马鱼细胞编码条形码. 这种方法可以通过分析成人组织的条形码细胞来重建细胞系和组织发育.
科学领域:
- 发展生物学 发展生物学
- 遗传学 遗传学 是一个
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 了解胚胎发生过程中细胞命运决定对发育生物学至关重要.
- 现有的谱系追踪方法在分辨率和可扩展性方面存在局限性.
研究的目的:
- 为了引入ScarTrace,一种基于CRISPR/Cas9的基因谱系追踪方法.
- 为了证明ScarTrace在斑马鱼细胞系和组织发育的重建中的实用性.
主要方法:
- 在正在发育的斑马鱼胚胎中,单细胞的CRISPR/Cas9介导的DNA条形编码.
- 从各种成年斑马鱼组织 (骨髓,大脑,眼睛,) 中分离单个细胞.
- 单细胞cDNA放大用于转录组分析和基因组DNA嵌套PCR用于条码测序.
主要成果:
- 通过使用目标GFP序列,成功地对单个细胞进行了独特的DNA条形码.
- 从孤立的成年细胞中捕获转录组和条形码序列.
- 细胞类型和条形码的计算识别用于克隆追踪和血统重建.
结论:
- ScarTrace为斑马鱼的高分辨率遗传谱系追踪提供了一个强大的工具.
- 该方法允许在胚胎发生过程中解开复杂的命运决策.
- 斯卡特雷斯有助于重建组织谱系树和发育过程.


