随机森林算法揭示了HA蛋白中的新型位点,这些位点改变了H9N2禽流感病毒的受体结合偏好
Yuncong Yin1, Wen Li2, Rujian Chen2
1College of Veterinary Medicine, Yangzhou University, Yangzhou 225009, China; Jiangsu Co-Innovation Center for the Prevention and Control of Important Animal Infectious Disease and Zoonoses, Yangzhou University, Yangzhou 225009, China; International Joint Laboratory for Cooperation in Agriculture and Agricultural Product Safety, Ministry of Education, Yangzhou University, Yangzhou 225009, China.
禽流感病毒可以通过切换到人类受体引起大流行. 这项研究确定了H9N2禽流感病毒中关键的血凝素突变,使其能够与人类受体结合,构成公共卫生威胁.
科学领域:
- 病毒学 病毒学
- 分子生物学分子生物学
- 公共卫生 公共卫生
背景情况:
- 流行性流感的开始需要禽流感病毒适应人类类型的受体 (α-2,6酸链接).
- 一些H9N2禽流感病毒 (AIV) 对人类类型受体表现出令人担忧的偏好,表明潜在的流行病.
- 在H9N2 AIV中这种受体结合开关背后的分子机制仍然不太清楚.
研究的目的:
- 为了确定与受体结合偏好的切换相关的H9N2 AIV的血凝素 (HA) 蛋白中的关键氨基酸替代.
- 通过实验验证预测的HA替代物对它们结合人类类型α-2,6受体的能力.
主要方法:
- 利用随机森林算法来预测HA中与受体结合相关的关键氨基酸位.
- 进行了受体结合测试,以确认预测的HA替代物对α-2,6受体亲和力的功能影响.
主要成果:
- 随机森林模型预测了12个HA替代 (包括N158D,A160T,T163I,V190A,D193N,N231D) 与α-2,6受体偏好相关.
- 受体结合测定证实了12种预测的替代物中的11种对α-2.6受体产生亲和力,V190T是例外.
- 在小鼠模型中,A160T替代显著提高了免疫反应基因的调节,并增加了死亡率.
结论:
- 在H9N2 AIV血素中确定了特定的氨基酸替代物,这些替代物驱动了转向人类类型受体结合的转换.
- 这些发现增强了我们对H9N2 AIV适应和流行病潜力的分子决定因素的理解.
- A160T替代突显出一种特定的突变,由于其对病毒性和宿主反应的影响,引起了公众健康的关注.
更多相关视频
07:55Generation of Escape Variants of Neutralizing Influenza Virus Monoclonal Antibodies
Published on: August 29, 2017
12:18Expression of Functional Recombinant Hemagglutinin and Neuraminidase Proteins from the Novel H7N9 Influenza Virus Using the Baculovirus Expression System
Published on: November 6, 2013
相关概念视频
Viral Mutations
Leaky Scanning
