在小鼠胚胎中进行4D光片成像,计算重建和细胞跟踪
Martin H Dominguez1, Jonathon M Muncie-Vasic2, Benoit G Bruneau3
1Gladstone Institutes, San Francisco, CA, USA; Department of Medicine, Division of Cardiology, University of California, San Francisco, San Francisco, CA, USA; Cardiovascular Institute, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, USA.
STAR protocols
|January 4, 2025
概括
本研究介绍了一种工作流程,用于分析从小鼠胚胎中获取的时隔光片光显微镜 (LSFM) 数据. 该方法使使用开源工具能够详细了解细胞层面的发育过程.
科学领域:
- 发展生物学 发展生物学
- 显微镜技术 显微镜技术
- 计算生物学 计算生物学
背景情况:
- 光片光显微镜 (LSFM) 越来越容易用于生物研究.
- 时隔成像对于理解动态细胞过程至关重要.
- 分析复杂,大规模的成像数据是一个重大挑战.
研究的目的:
- 建立一个全面的工作流程,用于在整体成像,处理和分析多视图LSFM数据.
- 使用ex vivo小鼠胚胎作为发育研究的模型系统.
- 为了能够量化细胞迁移和形态动力学.
主要方法:
- 使用商业LSFM仪器对ex vivo小鼠胚胎进行成像.
- 在离散部分中对图像数据进行计算分析.
- 使用开源软件进行数据处理和分析.
主要成果:
- 详细介绍了多视图LSFM数据采集和处理的完整协议.
- 工作流有助于在细胞分辨率下分析发育过程.
- 证明了细胞迁移和形态动力学的量化.
结论:
- 提出的工作流提供了一个强大的方法来分析复杂的LSFM时间间隔数据.
- 这种方法通过使用先进的显微镜来增强对发育生物学的理解.
- 开源工具使研究人员更容易获得先进的LSFM分析.
