使用So-Smart-seqq捕获单个植入前胚胎的完整转录组的协议
1Department of Molecular Biology, Massachusetts General Hospital, Boston, MA 02114, USA; Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA.
STAR protocols
|January 5, 2025
概括
链优化的Smart-seq (So-Smart-seq) 从有限的样本提供了全面的转录组分析. 这种方法捕获了各种RNA类型,包括非多基和重复RNA,同时保留了链信息.
科学领域:
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
- 文字转录学 (Transcriptomics) 是一个学科.
背景情况:
- 低输入样本对全面的RNA分析构成挑战.
- 现有的方法可能无法捕获RNA分子的全部光谱,或者可能引入偏差.
研究的目的:
- 为分析单个小鼠植入前胚胎提供了链优化Smart-seq (So-Smart-seq) 的详细协议.
- 要突出So-Smart-seq在从低输入样本捕获全面转录组的能力.
主要方法:
- 单个小鼠的植入前胚胎隔离.
- 使用So-Smart-seq的图书馆准备,包括核糖体cDNA枯竭.
- 转录组分析的初始数据处理步骤.
主要成果:
- 因此,Smart-seq有效地捕获了多基和非多基RNA.
- 该技术包括重复性RNA,不包括丰富的核糖体RNA.
- 线程信息被保留,5'到3'的覆盖偏差被最小化.
结论:
- "So-Smart-seq"是一种可靠的方法,用于对低输入样本的综合转录组分析.
- 该协议可适应其他低输入生物材料和小RNA检测 (<200 nt).


