基于结构相似性的选与综合结构生物化学方法相结合,用于探索对基因素脱乙酶 (HDAC) -6的高亲和度抑制剂
Shabir Ahmad Ganai1, Suma Mohan2
1Division of Basic Sciences & Humanities, FoH, SKUAST-Kashmir, Shalimar, Srinagar, 190025 Jammu and Kashmir India.
In silico pharmacology
|January 6, 2025
概括
研究人员对PubChem数据库进行了选,以寻找向激素脱乙酶 (HDAC) 6的分子,这种蛋白质与癌症和神经退行性疾病有关. 他们确定了有希望的小分子,具有很高的结合亲和力,用于潜在的治疗开发.
科学领域:
- 生物化学和分子生物学
- 药用化学 医学化学
- 计算机化药物发现技术
背景情况:
- 海斯脱乙酶 (HDAC) 6与各种癌症和神经退行性疾病的病理学有关.
- 异常的HDAC6表达破坏了细胞信号通路,导致疾病的发展.
- 用小分子准HDAC6活动是一个潜在的治疗策略.
研究的目的:
- 识别具有对HDAC6.6的高结合亲和度的新型小分子.
- 探索已识别的化合物与HDAC6.6结合的分子基础.
- 为开发针对HDAC6驱动疾病的治疗剂提供基础.
主要方法:
- 使用Tubastatin A作为参考分子的PubChem数据库的虚拟选.
- 对选的化合物进行了分子对接 (XP模式) 和MM-GBSA计算.
- 分子动力学模拟和3D e-pharmacophore映射被用于排名最高的分子.
主要成果:
- 与参考分子相比,33个分子对HDAC6活性部位的结合亲和力更高.
- 排名最高的击中分子在HDAC6活性部位内表现出有利的相互作用.
- 分析揭示了打击分子增强结合的结构和电子基础.
结论:
- 该研究成功地确定了HDAC6.6的强有力的小分子抑制剂.
- 这些发现支持针对癌症和神经退行性疾病的HDAC6的治疗潜力.
- 已识别的打击分子可以作为进一步药物开发的有希望的线索.
