评估三种病毒体完整性qPCR方法,用于基于废水的病毒监测
Jessica L Kevill1, Kata Farkas2, Kate Herridge2
1School of Environmental and Natural Sciences, Bangor University, Bangor, Gwynedd, LL57 2UW, UK. j.kevill@bangor.ac.uk.
Food and environmental virology
|January 6, 2025
概括
卡普西德完整性qPCR (CI-qPCR) 测定显示出在废水中检测可活性的病毒的前景. 像Crosslinker和TruTiter这样的新方法比PMAxx染料提供了优势,特别是在复杂的废水矩阵中,改善了公共卫生监测.
科学领域:
- 环境微生物学环境微生物学
- 病毒学 病毒学
- 分子诊断学 分子诊断学
背景情况:
- 评估废水中致病性人类病毒的生存能力对于公共卫生至关重要.
- 传统的细胞培养感染性检测是耗时和劳动密集的.
- 卡普西德完整性定量聚合酶连锁反应 (CI-qPCR) 为检测可活性病毒提供了一个更快的替代方案.
研究的目的:
- 为了比较三个CI-qPCR方法 (Crosslinker,TruTiter,PMAxx染料) 的性能,以评估病毒活力.
- 为了评估这些方法,使用各种病毒类型,样本矩阵 (PBS,废水) 和无活化状态 (热无活化,活).
- 确定CI-qPCR适用于废水监测和预警系统的适用性.
主要方法:
- 测试了三种CI-qPCR测定方法 (Crosslinker,TruTiter,PMAxx) 进行了测试.
- 测试适用于酸盐缓冲盐水 (PBS) 和废水中加热失活和活病毒.
- 还分析了废水样本中的自然存在的病毒.
- 病毒小组包括人类腺病毒5,肠道病毒A71,肝炎-A病毒,流感-A H3N2,呼吸道同胞病毒A2,诺罗病毒GI,诺罗病毒GII和SARS-CoV-2.
- 传输电子显微镜 (TEM) 用于比较分析.
主要成果:
- 所有三种CI-qPCR方法都成功地区分了PBS中的降解,热失活和活病毒.
- 在尖废水中,PMAxx与Crosslinker和TruTiter相比,显示热不活化的病毒的基因拷贝明显较低.
- 交叉连接器和TruTiter表现出相似的性能,TruTiter显示出在未经处理和经处理的废水中检测完整病毒的潜力.
- 流感A病毒的病毒花干扰了基于染料的CI-qPCR测定.
结论:
- 新的CI-qPCR方法 (Crosslinker,TruTiter) 在复杂的废水矩阵中显示出比PMAxx染料更好的性能.
- CI-qPCR测定是评估废水中的病毒生存能力的宝贵工具,补充了传统方法.
- 这些技术可以增强新出现的病原体的早期预警系统,改善公共卫生准备和反应.
