在全面的癌症基因组测试中检测基因变异时,EQA/PT的重要性

科学领域:

• 临床实验室科学 临床实验室科学
• 基因组医学是基因组医学.
• 在瘤学瘤学.

背景情况:

• 综合基因组分析 (CGP) 对癌症治疗至关重要,但缺乏标准化和外部质量评估 (EQA).
• 熟练测试 (PT) 对于评估CGP实验室性能至关重要.
• 预分析过程,特别是核酸 (NA) 提取,显著影响CGP的准确性.

研究的目的:

• 为了在多个机构中进行CGP测试,进行具有成本效益的EQA和PT.
• 确定影响CGP准确性的关键因素,重点关注预分析过程.
• 评估变异基因频率 (VAF) 对CGP变异检测的影响.

主要方法:

• 在日本临床实验室科学协会 (JACLS) EQA工作组中使用10所机构的共同样本进行了EQA和PT.
• 从细胞系和甲固定嵌 (FFPE) 样本中评估NA提取.
• 在不同的VAF中分析了特定临床相关变异的检测率 (例如,KRAS,PIK3CA,BRAF,EGFR).

主要成果:

• 使用细胞系DNA的EQA显示,对变异>10%的VAF检测率为100%,但在4.9%的VAF下,BRAF的检测率降至67%.
• 从FFPE样本中提取的DNA显示了检测病原体变异的变异性,VAF<20% (RSD13-60%).
• 在从FFPE样本中提取分析前DNA的10%的VAF值对于在CGP中准确检测变异至关重要.

结论:

• 从FFPE样本中进行预分析核酸提取是CGP的关键步骤.
• 变异性等位基频率 (VAF) 低于10%对CGP中精确的变异性检测提出了挑战.
• EQA/PT强调了分析前过程的重要性以及常见的陷,这些陷往往被内部质量控制所忽视.