人类参考地图知识图的构建,部署和使用,用于链接开放数据
Andreas Bueckle1, Bruce W Herr1, Josef Hardi2
1Department of Intelligent Systems Engineering, Luddy School of Informatics, Computing, and Engineering, Indiana University, Bloomington, IN, USA.
人类参考图谱知识图组织了健康的人体数据,使复杂的生物查询能够跨越解剖结构,细胞类型和生物标志物. 该资源为全球研究人员提供了标准化的数据集成和可访问性.
科学领域:
- 人体解剖学和细胞生物学
- 生物信息学和数据科学
- 计算生物学是一种计算生物学.
背景情况:
- 人类参考地图 (HRA) 是一项国际努力,旨在创建一个健康的成年人体的全面地图.
- 标准化术语和数据结构对于整合各种生物数据集至关重要.
- 现有的资源往往缺乏对解剖学,细胞和分子数据的全面空间和跨度整合.
研究的目的:
- 引入人类参考图谱知识图 (HRA KG) 作为HRA v2.2.2.的中央数据资源.
- 为了使用资源描述框架 (RDF) 图表和SPARQL.实现跨规模的生物查询.
- 在一个共同的坐标系内提供一个标准化的框架来描述标本,生物结构,细胞类型和生物标志物.
主要方法:
- 使用链接开放数据原则开发HRA KG.
- 整合了13种数字对象 (DO) 类型,由共同坐标框架 (Common Coordinate Framework Ontology) 标准化.
- 使用 SPARQL 查询 RDF 图形数据.
主要成果:
- HRA KG v2.2涵盖71个器官,包括5800个解剖结构,2268种细胞类型和2531种生物标志物.
- 该图包含超过1000万个节点和1.71亿个边缘,总大小为125.84 GB.
- 通过API和UI提供KG构建,部署和使用的数据和代码.
结论:
- HRA KG 作为标准化,整合和可查询的人类生物数据的基础资源.
- 它通过将不同数据集连接到统一的框架中来支持先进的跨度生物研究.
- 该KG促进数据的可访问性和可重复使用性,加速人类健康和疾病方面的发现.
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