使用公共数据独立获取数据集对人类组织基线蛋白质表达的综合视图

科学领域:

• 蛋白质组学是指蛋白质组学.
• 人类生物学 人类生物学
• 生物信息学是一种生物信息学.

背景情况:

• PRIDE数据库是基于质谱学的蛋白质组学数据的主要公共存储库.
• 有越来越多的数据独立获取 (DIA) 蛋白质组学数据可用.
• 现有数据的大规模再分析使得全面的人类蛋白质组研究成为可能.

研究的目的:

• 从健康的人类组织中重新分析15个公共无标签的DIA蛋白质组学数据集.
• 在正常条件下建立人类蛋白质组的基线视图.
• 将来自DIA的蛋白质丰度数据与之前的数据依赖获取 (DDA) 分析进行比较.

主要方法:

• 重新分析了15个没有标签的DIA蛋白质组学数据集.
• 在各种健康人体组织中计算基线蛋白质丰度.
• DIA和DDA人类基线数据集之间的蛋白质丰度值的比较.

主要成果:

• 人类蛋白质组基线蛋白质丰度的全面地图被生成.
• 根据组织,DIA和DDA方法之间的蛋白质丰度相关性因组织而异.
• 在肝脏和结肠中观察到良好的相关性,但在肺和胰腺中观察到较弱的相关性.

结论:

• 对DIA蛋白质组学数据的重新分析为人类蛋白质组提供了宝贵的见解.
• 在一些人体组织中,DIA和DDA方法显示了可比的结果,但在其他组织中却有所不同.
• 生成的蛋白质丰度数据和元数据可通过表达图谱资源获得.