使用基因组SSR标记物的231个果胚胎的遗传多样性和指纹
Jinyuan Yan1,2,3, Bin Zheng1, Songbiao Wang1,2
1National Key Laboratory for Tropical Crop Breeding, Key Laboratory of Tropical Fruit Biology, Ministry of Agriculture and Rural Affairs, Key Laboratory of Hainan Province for Postharvest Physiology and Technology of Tropical Horticulture Products, South Subtropical Crops Research Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Zhanjiang 524013, China.
这项研究为果 (Mangifera indica L.) 开发了新的简单序列重复 (SSR) 标记,以分析遗传多样性. 这些发现为果育种计划和生殖细胞利用提供了必要的分子资源.
科学领域:
- 植物遗传学 植物遗传学
- 分子育种是一种分子育种.
- 园艺园艺 园艺园艺
背景情况:
- 果 (Mangifera indica L.) 是一种重要的热带水果作物,但其遗传多样性在分子水平上仍未得到充分探索.
- 有限的分子数据阻碍了果的遗传改进和标记器辅助育种.
- 了解遗传多样性对于有效利用生殖质和提高作物质量至关重要.
研究的目的:
- 使用阿尔方索参考基因组开发全基因组简单序列重复 (SSR) 标记.
- 分析果生殖质资源的遗传多样性和种群结构.
- 为了确定构建果指纹的核心SSR标记.
主要方法:
- 全基因组查以识别SSR位点并设计187个SSR初始对.
- 选择34个多态SSR初始对来分析231个果连接.
- 应用人口结构,家族遗传学和主要成分分析 (PCA).
主要成果:
- 总共有219个等位基因在231个加入中被放大,平均每个标记物有6441个等位基因.
- 多态信息含量 (PIC) 值在0.509到0.757之间 (平均值为0.620),表明了显著的遗传变异.
- 人口结构分析揭示了两个不同的群体 (印度和东南亚),东南亚显示出更高的多样性.
- 确定了16个SSR初始器对作为指纹229个果接入的核心标记.
结论:
- 开发的SSR标记物为果遗传多样性研究提供了宝贵的分子资源.
- 结果提供了关于果种群结构和不同地区的遗传变异的见解.
- 这项研究支持在繁殖计划和保护工作中更好地利用果胚胎质.
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