一个野生丝甲,Bombyx mandarina的染色体层次的基因组组合

科学领域:

• 基因组学就是基因组学.
• 昆虫生物学 昆虫生物学
• 分子遗传学 分子遗传学

背景情况:

• 虫 (Bombyx mandarina) 是化的丝虫 (Bombyx mori) 的最亲近的野生亲属.
• 日本国家生物资源项目 (NBRP) 开发了Bombyx mori菌株,其中的染色体来自B. mandarina.
• 高质量的基因组组装对于利用B. mandarina和染色体替代菌株至关重要.

研究的目的:

• 为了构建Bombyx mandarina的染色体级基因组组.
• 执行基因组的功能注释,包括基因预测和调控元素识别.
• 支持使用B. mandarina和B. mori染色体替代菌株的研究.

主要方法:

• 全基因组测序和组装以实现染色体水平的分辨率.
• 转录组测序用于基因预测.
• 对转化酶可访问的染色体测序 (ATAC-seq) 的测试,以确定开放的染色体区域.
• 针对PIWI相互作用RNA (piRNA) 的小RNA测序.

主要成果:

• 成功构建了Bombyx mandarina的染色体级基因组组件.
• 基因组组合包含14,859个蛋白质编码基因和628个piRNA集群,分布在三个组织 (卵巢,丸,胚胎) 中.
• ATAC-seq识别了许多开放的染色体区域,表明可访问的基因组区域.

结论:

• 染色体水平的基因组组合为Bombyx mandarina提供了宝贵的基因组资源.
• 功能性注释增强了对B. mandarina的基因功能和调节的理解.
• 鉴定到的开放色素区域将促进未来的基因组编辑工作,特别是使用CRISPR/Cas9技术.