使用HX-MS对未经修改和含有PTM的的高通量汇率的确定
Jamie A Moroco1, Alvaro Sebastian Vaca Jacome1, Pierre Michel Jean Beltran1
1Broad Institute of MIT & Harvard, Cambridge, Massachusetts, USA.
Molecular & cellular proteomics : MCP
|January 9, 2025
概括
质谱学 (MS) 准确地测量的交换率,其中97%在预测的两倍之内. 氨酸乙化会影响蛋白质的酶率,而酸化则不会,这揭示了蛋白质动态的关键因素.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 生物物理化学 生物物理化学
- 分析化学 分析化学
背景情况:
- 质谱法 (MS) 广泛用于/交换 (HDX) 测量.
- 之前的研究缺乏系统的,大规模比较MS观察到NMR预测的交换率.
- 邻近的余数和翻译后修改 (PTM) 对汇率的影响需要进一步研究.
研究的目的:
- 系统地比较MS观察到的交换率与NMR预测值.
- 调查邻近的残留物和PTM对/汇率的影响.
- 在复杂的生物样本中开发和验证用于高通量HDX测量的自动化工作流.
主要方法:
- 从全细胞消化中生成了563种独特的公正数据集.
- 使用质谱学进行/交换测量.
- 使用完全减值的控制来评估回汇贡献.
- 对的物理化学性质进行了元分析.
- 用PTM和没有PTM的合成混合物进行比较 (lysine乙化,serine/threonine酸化).
主要成果:
- 97%的观察到的交换率都在预测值的两倍之内.
- 氨基酸序列是对50%的的反向交换的主要贡献者.
- 确定了多个影响反向交换差异的物理化学特征.
- 氨酸乙化显著影响观察到的汇率,而氨酸/氨酸酸化没有.
结论:
- 基于MS的HDX测量提供了与预测可比的准确汇率.
- 序列和特定的PTM如 lysine乙化是汇率的关键决定因素.
- 开发的自动化工作流程使复杂的混合物的高效HDX分析成为可能.
关键词:
通过乙化处理.细胞消化细胞的消化.汇率 汇率是指汇率的汇率.交换气交换气交换气交换质谱测量质谱测量质谱测量质谱测量质量测量质谱测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量质量测量酸化的方法是:光化.
