从临床呼吸道样本中对Mycobacterium avium复合物的全基因组遗传学分析
Chew Ka Lip1, Joelle Go1, Nur Aisyah Binte Abu Bakar1
1Department of Laboratory Medicine, National University Hospital, Singapore, Singapore.
Microbiology spectrum
|January 10, 2025
概括
全基因组测序揭示了八种Mycobacterium avium复合体 (MAC) 物种,其中M. avium亚种hominissuis占主导地位. 遗传集群表明潜在的传播,而较低的克拉里素和阿米卡辛耐药性突出显示了治疗的有效性.
科学领域:
- 基因组学和微生物学
- 传染性疾病 传染性疾病
- 抗微生物耐药性 抗微生物耐药性
背景情况:
- 在全球范围内,Mycobacterium avium复合体 (MAC) 导致显著的非结核性菌根性 (NTM) 肺病.
- 管理MAC感染是复杂的,因为不同的物种和不同的耐药性.
- 了解MAC遗传多样性对于有效的治疗和控制至关重要.
研究的目的:
- 在MAC分离物种上进行全基因组测序,以确定物种和亚种.
- 分析遗传多样性,识别集群,并调查耐药性模式.
- 为了将基因型发现与MAC分离物体中的表型耐药性相关联.
主要方法:
- 从呼吸器样本中对203个回顾性MAC分离物的全基因组测序.
- 遗传学分析以确定物种和亚种.
- 对克拉里斯罗米辛,阿米卡辛,线索利德和莫西素的敏感性测试;对药物耐药性位置的突变分析.
主要成果:
- 发现了8个MAC物种/亚种,其中M. avium亚种Hominissuis (MAH) 是最常见的 (72.9%).
- 在MAH和M. intracellulare亚种中观察到显著的遗传集群. 奇美拉孤立物,表明潜在的传播.
- 发现了较低的表型耐克性对克拉里素 (0.5%) 和阿米素 (1.5%) 的低率,并罕见的相关突变.
结论:
- 马克感染表现出显著的遗传多样性,马克作为主导物种.
- 遗传集群表明在医疗保健机构内有传播潜力,需要加强感染控制.
- 较低的克拉里素和阿米卡辛耐药性,加上罕见的耐药性突变,支持在敏感性得到确认时继续使用它们.
关键词:
菌复合体 (MAC) 是一种复杂的细菌.抗生素耐药性 抗生素耐药性环境采样环境采样非结核菌 (NTM) 是一种非结核菌.遗传学分析 遗传学分析传输动力学 传输动力学全基因组测序 (WGS) 是一种全基因组测序.
