一种比较的模板切换cDNA方法,用于基于HTS的多重检测三种病毒和一种常见于果树中的病毒
Francisco Mosquera-Yuqui1,2, Daniel Ramos-Lopez1,2, Xiaojun Hu3
1Institute for Biosecurity and Microbial Forensics (IBMF), Oklahoma State University, Stillwater, OK, USA.
Scientific reports
|January 10, 2025
概括
优化cDNA合成治疗方法可以通过高通量测序 (HTS) 提高植物中的病原体检测. 特定的原料提高了通过HTS.检测果病毒和果头病毒 (AHVd) 的检测.
科学领域:
- 植物病理学 植物病理学
- 分子生物学分子生物学
- 基因组学就是基因组学.
背景情况:
- 病原体排除对于综合性害虫管理和预防疾病传播至关重要.
- 美国植物检疫服务利用PCR和HTS检测进口材料中的植物病毒和病毒.
- 在植物病原体的HTS协议中实现低检测极限仍然是一个挑战.
研究的目的:
- 评估七种cDNA合成治疗方法,用于基于HTS检测果病毒和病毒.
- 使用不同的HTS工作流程,比较果病毒和果头病毒 (AHVd) 的相对丰度和基因组覆盖范围.
- 确定最佳的cDNA合成策略,用于敏感的植物病原体的HTS检测.
主要方法:
- 采用了一个模板切换cDNA放大协议.
- 测试了七种不同的cDNA合成治疗方法,包括oligo d(T) 23-VN和随机六合体.
- 图书馆准备使用纳米孔SQK-DCS109和Illumina Nextera XT套件进行.
- 测序是在MinION和NextSeq2000平台上进行的.
主要成果:
- 奥利戈d(T) 23-VN和随机六合体最大限度地提高了病毒读数和基因组覆盖率.
- 反向原料池增强了AHVd检测.
- 纳米孔SQK-DCS109显示出更高的病毒丰度 (高达2.22倍),而Illumina Nextera XT则产生了更多的病毒读数 (高达3.30倍).
- 在HTS工作流程中,基因组覆盖范围是可比的.
结论:
- 特定的cDNA合成疗法显著影响病毒和病毒的检测和相对丰度.
- 选择HTS工作流影响病毒与病毒的差异检测.
- 为适应各种植物病原体和作物敏感的HTS方法提出了一个框架.
