酶效应:扩大MS优化的视野到蛋白质学中的非典型消化
Kinga Nagy1,2, Péter Sándor1, Károly Vékey1
1MS Proteomics Research Group, HUN-REN Research Centre for Natural Sciences, Magyar Tudósok körútja 2, H-1117 Budapest, Hungary.
Journal of the American Society for Mass Spectrometry
|January 13, 2025
概括
在基于质谱的自下而上的蛋白质组学中,优化替代酶的碰撞能量显著改善了的识别和序列覆盖. 量身定制的能量设置可以提高各种酶性消化物的数据质量.
科学领域:
- 蛋白质组学是指蛋白质组学.
- 质谱测量质量谱测量
- 生物化学 生物化学
背景情况:
- 基于质谱的自下而上的蛋白质组学通常使用素,但替代酶提供了补充数据.
- 现有的质谱工作流程通常是针对三性消化物进行优化,这可能导致其他酶的性能不足.
- 酶特异性可以影响质谱学中的片段和识别成功.
研究的目的:
- 为了研究酶特异性对质谱学性能的影响.
- 为了确定用于自下而上的蛋白质组学中的各种酶的最佳碰撞能量 (CE) 值.
- 开发和验证适用于非特性消化物的定制CE选择方法.
主要方法:
- 进行了液体染色学-并联质谱学 (LC-MS/MS) 实验,使用素,Arg-C,Glu-C,Asp-N和化学素.
- 在MS/MS碎片化过程中多样化的碰撞能量和分析的标识得分.
- 确定了最佳碰撞能量值,并提出了一种基于酶特异性的选择CE的方法.
主要成果:
- 在所有测试的酶中观察到对碰撞能量的线性m/z依赖.
- 发现Glu-C,Asp-N和化学素所需的碰撞能比素和Arg-C要低得多.
- 使用~20%较低能量替代酶的量身定制方法改善了的识别 (8-32%) 和序列覆盖.
结论:
- 酶特异性显著影响质谱学中最佳碰撞能量设置.
- 一种定制的碰撞能量方法提高了使用替代酶的自下而上的蛋白质组学的性能.
- 这些发现提供了对酶特异性碎片化行为的见解,并改善了蛋白质组数据的获取.
