mpactR:是代谢学峰值分析计算工具 (MPACT) 的 R 适应,用于可重复的数据分析管道

科学领域:

• * 微生物学 微生物学
• * 分析化学 分析化学
• * 生物信息学是一门学科.

背景情况:

• * 液体染色学-并联质谱学 (LC-MS/MS) 对于微生物分析至关重要.
• * 预处理LC-MS/MS数据带来了一些挑战,包括峰值错误选择,样本间变异,源中碎片化和背景噪声.
• *高质量的质谱特征对于准确的微生物学见解至关重要.

研究的目的:

• * 开发一个自动化的软件包,用于从微生物样本中预处理LC-MS/MS数据.
• * 解决LC-MS/MS分析中常见的数据质量问题.
• * 提高质谱学特征提取的可靠性和效率.

主要方法:

• * 开发 mpactR 软件包,用于自动化LC-MS/MS 数据预处理.
• * 实现算法来纠正错误选择的峰值.
• * 纳入解决样本间丰度变化的方法.
• * 整合了用于考虑源离子碎片化的技术.
• * 应用降噪策略,以获得更清洁的数据.

主要成果:

• *mpactR成功地自动纠正LC-MS/MS数据中错误选择的峰值.
• * 该套件有效地解决了技术复制品的样本间丰度变化.
• *mpactR解释了源离子碎片化,导致更准确的特征识别.
• * 背景噪声显著降低,产生高质量的质谱特征.
• * 该软件为微生物学LC-MS/MS数据分析提供了简化的工作流.

结论:

• *mpactR为微生物LC-MS/MS数据的预处理提供了一个自动化和强大的解决方案.
• * 该套件提高了质谱特征的质量和可靠性.
• *mpactR可以通过CRAN和GitHub轻松获取,从而促进其在研究中采用.