使用scATAC-seq对eQTL和喘风险位的功能性表征,跨免疫细胞类型和背景
Julong Wei1, Justyna A Resztak1, Ali Ranjbaran1
1Center for Molecular Medicine and Genetics, Wayne State University, Detroit, MI, USA.
American journal of human genetics
|January 15, 2025
概括
单细胞ATAC-seq揭示了 cis调节元件 (CREs) 如何影响喘中的基因表达. 与喘风险相关的CREs的遗传变异影响基因表达的变异性和平均值,为疾病机制提供了洞察力.
科学领域:
- 基因组学就是基因组学.
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 基因调节元件 (Cis-regulatory elements,CREs) 调节不同细胞类型和环境条件的基因转录动态.
- 在CREs中的遗传变异可以改变基因表达反应,导致喘易感性.
- 了解CRE在单细胞分辨率上的调节机制对于阐明喘病原性至关重要.
研究的目的:
- 研究控制喘儿童免疫细胞转录动态的调节机制.
- 为了确定细胞类型和治疗特定的转录因子,影响基因表达的平均值和变异性.
- 通过表达定量特征位置 (eQTL) 分析,将CREs中的遗传变异与喘风险联系起来.
主要方法:
- 单细胞ATAC-seq (scATAC-seq) 对来自16名患有喘的儿童的外周血液单核细胞 (PBMC) 进行了测试.
- 用植物血凝素 (PHA) 或脂聚糖 (LPS) 刺激PBMC,并用德克萨米 (DEX) 治疗.
- 分析了染色质可访问性,转录因子动机活性和eQTL,以确定调节元素和因果变异.
主要成果:
- 在转录因子动机反应和目标基因表达平均值变化之间观察到正线性关系.
- 在动机反应和目标基因表达变异性变化之间发现了负面关系,这表明更严格的基因表达控制.
- 丰富了eQTLs的CREs与响应动机,改进了410个喘风险基因,并确定了191个因果变异的响应动机.
结论:
- scATAC-seq为剖析喘风险变体的分子基础提供了一个强大的工具.
- 基因表达的变异性与转录因子结合相反相关,这意味着在微调细胞反应中发挥了作用.
- 这项研究增强了对CREs遗传变异如何通过改变基因表达动态对喘病因产生贡献的理解.
关键词:
喘 喘 是一种染色质可访问性 染色质可访问性表达方式 定量特征 loci loci精细地图的绘制.功能性基因组学 功能性基因组学基因表达的动态 基因表达的动态基因表达的变化 基因表达的变化一个单细胞的单细胞.转录因子的转录因子转录因子的结合点是转录因子的结合点.更多相关视频
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