在Candida auris中对CRISPR-Cas9等位基因编辑系统进行比较评估:在具有挑战性的错误中进行具有挑战性的研究

科学领域:

• * 医学真菌学 医学真菌学
• * 分子生物学 * 分子生物学
• * 菌类遗传学 菌类遗传学

背景情况:

• * *Candida auris* 是一种多药耐药的真菌病原体,导致医院感染.
• * 它独特的承受压力和持久性需要分子研究工具.
• *现有的CRISPR-Cas9系统对*C. auris*等位基因编辑有局限性.

研究的目的:

• * 为了比较四个CRISPR-Cas9系统对*C. auris*基因组编辑的效率.
• * 评估基于整合的与基于插件等离子体的系统.
• * 调查DNA修复途径在编辑效率中的作用.

主要方法:

• * 测试了四个CRISPR-Cas9系统:三个集成到*ENO1*,*LEU2*和*HIS1*位点,一个使用插件等离子体.
• *对4900多个变压器进行选,以确保正确的集成和编辑.
• *删除非同类末端连接 (NHEJ) 途径因子 (*KU70*, *LIG4*),以评估它们的影响.

主要成果:

• * 编辑效率在所有系统中差异很大,并且依赖于应变.
• * 基于整合的系统显示了令人担忧的低正确整合率 (<0.02%),频繁的随机异胎插入.
• * 尽管转换成功率较低,但Episomal等离子体系统实现了最高的平均编辑效率 (41.9%).
• *删除NHEJ因素 (*ku70Δ*, *lig4Δ*) 并没有提高编辑或定位效率.

结论:

• *在*C. auris*中精确的基因组编辑面临重大障碍,特别是在基于整合的方法中.
• * 插体等离子体系统为*C. auris*基因改造提供了一种更有效的,尽管不完美的方法.
• *随机集成是一个常见的问题,在这种情况下,NHEJ路径中断不会提高编辑效率.
• * 这项研究为选择适合*C. auris*研究的基因组编辑工具提供了关键的见解.