对Nextclade的禽流感A(H5) 病毒数据集的开发使得快速而准确的分类分配成为可能
Jordan T Ort1, Sonja A Zolnoski1, Tommy T-Y Lam2,3
1Department of Microbiology, Perelman School of Medicine, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, USA.
bioRxiv : the preprint server for biology
|January 20, 2025
概括
一个新的Nextclade工具简化了用于监测的禽流感A(H5) 病毒类别分配. 这种用户友好的拖放界面可以准确地区分高致病性禽流感 (HPAI) 和低致病性禽流感 (LPAI) 菌株.
科学领域:
- 病毒学和分子流行病学.
- 公共卫生和兽医监督
背景情况:
- 目前的全球高度病原性禽流感 (HPAI) A(H5) 全动物性病毒具有历史意义,广泛传播到哺乳动物物种.
- 对H5病毒进行准确和快速的分类分配对于有效的监测和疫情应对至关重要,特别是考虑到流行性低致病性禽流感 (LPAI) A(H5) 血统的共同流通.
- 现有的分类分配工具往往需要专门的生物信息学技能,限制了公共卫生实验室的可访问性.
研究的目的:
- 为Nextclade开发用户友好的数据集,这是一个用于快速和准确地对禽流感A(H5) 病毒进行基因分类的工具.
- 为了使公共卫生监测实验室能够轻松区分动物性HPAI A(H5) 病毒和特有LPAI A(H5) 血统.
- 提供一种工具来识别分类定义突变,多基分裂部位序列和潜在的N-链接糖化部位.
主要方法:
- 创建Nextclade数据集,使用注释参考序列用于历史的A(H5) 类,包括类2.3.2.1和2.3.4.4的后代.
- 鉴定基类定义突变,用于基于树的基类分配.
- 与已建立的命令行软件LABEL相比,Nextclade分配的基准测试使用了19,834个独特的序列.
主要成果:
- 与LABEL.4.4相比,Nextclade数据集实现了很高的分配准确性,匹配率为97.8% (clade 2.3.2.1) 和99.1% (clade 2.3.4.4).
- 所有种类的数据集显示了94.8%的匹配率,并成功地区分了HPAI和LPAI菌株.
- 该工具正确识别了分类分配,并促进了特定遗传标记的检测,如多基分裂部位.
结论:
- 开发的Nextclade数据集提供了一个快速,准确和可访问的替代方案,用于在禽流感监测中分配A(H5) 类.
- 拖放界面显著降低了公共卫生实验室的技术障碍,提高了其实时疫情监测能力.
- 该工具支持全球努力通过改进的遗传特征来追踪和控制HPAI A(H5) 病毒的传播.
