ATAC-Seq图书馆 准备来自小鼠骨髓的中性粒细胞
Ju Zhang1, Shuai Tong2, Siyuan Liang2
1Biomedical Innovation Center, Beijing Shijitan Hospital, Capital Medical University; Beijing Key Laboratory for Therapeutic Cancer Vaccines; zhangju@mail.ccmu.edu.cn.
Journal of visualized experiments : JoVE
|January 20, 2025
概括
这项研究提出了一种可扩展的协议,用于对中性粒细胞进行测试,以测试转移酶可访问的染色质,并对其进行测序 (ATAC-seq). 改进的方法确保了研究中性粒细胞表观基因组调节和免疫反应的高质量数据.
科学领域:
- 免疫学 免疫学 免疫学
- 表观遗传学 在表观遗传学中,表观遗传学是指表观遗传学.
- 分子生物学分子生物学
背景情况:
- 中性粒细胞是关键的免疫细胞,具有影响基因表达的动态色素结构.
- 用测序 (ATAC-seq) 检测转化酶可访问染色体,揭示了表观基因组调节,但对中性粒细胞来说具有挑战性.
- 了解中性粒细胞表观基因组对于免疫学和自身免疫性疾病研究至关重要.
研究的目的:
- 开发一种可扩展和强大的协议,用于从动物骨髓衍生的中性粒细胞中准备高质量的ATAC-seq库.
- 优化细胞活力和图书馆完整性,用于中性粒细胞的ATAC-seq分析.
- 提供一种方法,支持对中性粒细胞染色体结构和表观基因组重编程的研究.
主要方法:
- 利用免疫磁性分离来增强中性粒细胞的隔离.
- 开发了一种可扩展的协议,用于测试转化酶可访问的染色体与测序 (ATAC-seq) 库的准备.
- 专注于优化敏感免疫细胞的细胞活力和库质量.
主要成果:
- 从骨髓衍生的中性粒细胞中获得了高质量的ATAC-seq库.
- 通过优化免疫磁性分离,证明了细胞活力的提高.
- 确定了影响中性粒细胞ATAC-seq库质量的关键因素.
结论:
- 拟议的协议允许对中性粒细胞进行可靠的表观基因组研究.
- 该方法通过促进染色体可访问性分析,促进了基础和临床免疫学的研究.
- 该协议为调查中性粒细胞功能和与疾病相关的表观基因组变化提供了基础.
