微血管密度基因签名的开发及其在精准医学中的应用

科学领域:

• 在瘤学瘤学.
• 分子生物学分子生物学
• 生物标志物发现发现

背景情况:

• 与抗血管原药和免疫检查点抑制剂的联合治疗已被批准用于多种癌症.
• 对这种组合疗法的预测生物标志物了解甚少.
• 通过IHC测量的微血管密度 (MVD) 是抗血管原抑制剂反应的标志物,但需要瘤组织.

研究的目的:

• 利用RNA测序数据开发基于基因的得分来估计MVD.
• 探索这种MVD基因评分和对抗PD-1治疗的反应之间的关系.
• 评估MVD基因评分对精准医学的临床实用性.

主要方法:

• 开发了一种MVD基因评分,使用来自12只小鼠同基因瘤模型的RNA测序数据.
• 在小鼠模型中将MVD基因得分与IHC测量的MVD和对lenvatinib的反应相关联.
• 在人类瘤数据集 (癌症基因组图谱) 中分析了MVD基因得分,并与T细胞炎症基因签名一起分析.

主要成果:

• 在小鼠模型中,MVD基因评分准确地反映了MVD,并与lenvatinib的抗瘤活性相关.
• 在人类瘤样本中,MVD基因评分与IHC测量的MVD相关.
• 基于MVD基因评分和T细胞炎症特征与临床治疗指示相关的瘤分类.

结论:

• MVD基因评分提供了一种方法,可以从转录组数据中估计MVD,克服IHC的局限性.
• 这个分数可以用于大型公共数据集,其中IHC数据不可用.
• 结合T细胞炎症基因签名的MVD基因分数,为精准医学中患者分层提供了潜在的临床实用性.